1、1.根据劳动法进行扣除：企业应当根据劳动法规定，对员工的病假进行扣除。按照法律规定，企业应当给予员工带薪病假，但是超出带薪病假期限部分的工资，企业可以进行扣除，具体扣除方式要根据相关法律法规和合同约定来执行。
2、2.参考本地区规定：企业可以参考本地区的相关规定，如地方性政策、行业协议等，在此基础上进行扣除。
3、3.了解具体情况：在实际操作中，企业应当根据员工的具体情况，如病情严重程度、休假天数、是否治疗，来判断是否需要对员工的工资进行扣除。不同的员工病情和情况不同，因此扣除标准也会有所不同。应当对每个员工进行个案分析，并据此确定扣除的金额。